Lounais-Suomessa joet ovat pääosin tyydyttävässä tai välttävässä ekologisessa tilassa, kun taas järvien tila vaihtelee erinomaisesta huonoon.
Hyvään tilaan on luokiteltu kaksitoista jokea, jotka lähes kaikki ovat Satakunnassa.
Useimpien Lounais-Suomen järvien ekologinen tila on hyvä tai tyydyttävä. Järvien tilaa huonontaa ennen kaikkea rehevöityminen. Valtaosa Lounais-Suomen suurimmista järvistä on Satakunnassa. Niistä suurimman eli Säkylän Pyhäjärven ekologinen tila on luokiteltu hyväksi.






